그누보드 메인에 있는 인덱스파일은 없어도 돼지만 헤드파일은 있어야 합니다.
님의 헤드파일을 myhead.php등으로 바꾼 후 따로 불러 쓰세요.
그리고, index.php보다 index.html을 먼저 부르니, 두개가 같은 폴더에 있더라도 index.php가 아니라 index.html이 뜨게 되있습니다.
반드시 루트로 이동하실 필요는 없습니다만, 그누보드가 그 부분은 불편하게 제작된 것은 사실입니다.
링크가 바뀌는 이유는 그누보드가 설치된 폴더를 기준으로 상대적인 경로를 생성하기 때문입니다.
모든 링크를 님의 파일이 있는 폴더를 기준으로 생각하지 마시고,
그누보드가 있는 폴더를 기준으로 상대경로를 정하도록 바꾸시면
이동하시 않고 현재 그대로 그냥 쓰실 수 있습니다.
그누보드는 다른 보드에 비해, 이 "원초적인"부분이 처음 대하는 사람에게 어렵게 제작되어 있으니
님의 질문이 잘못은 아닙니다. ^^

휴 어럽네요.