위 내용을 봐서는... 보시는 분들도 헷갈리지 않을까 싶은... ㅡ.ㅡ;

일단 제가 이해한대로 정리해보자면...

우수님께서 처음에 말씀하신 바와 같이... 최신글, 최근글을 혼돈하고 계신듯합니다.

최신글(최신게시물) : 각각의 개별 게시판에서 가장 최근에 올라온 글들을 보여주기 위한 것. latest
최근글(최근게시물) : 설치된 그누보드 전체 게시판들에서 최근에 올라온 글들을 보여주기 위한것. new

으로써... 각각은 전혀 상관없는 별개의 기능을 담당하는 것이라 생각하시면 됩니다.

즉, new는 new 아이콘을 띄우기 위한 코드(파일)가 아니고,
bbs/new.php 를 사용해 사이트 전체의 최근 게시물을 추출해 주는 기능을 합니다.
http://sir.co.kr/bbs/new.php  ← 이것과 같이...
스킨 폴더의 new는 위 최근게시물을 보여줄 외형을 설정하는 스킨에 불과하구요.

구현하고자 하는 내용은,
새로운 글 등록시 '최신글', '게시판리스트' 에 모두 new 아이콘을 출력하고 싶어 하시는듯 합니다.

1. 게시판 리스트의 경우 스킨 폴더 중 board 안에서 사용하시는 스킨의 list.skin.php 파일 내부를 보시면,
(basic 스킨의 경우) 중간에

//echo " " . $list[$i][icon_new];

라는 코드가 위와 같이 주석처리 되어 있을겁니다. 이를 아래와 같이 주석 해제 해주시면 나타납니다.

echo " " . $list[$i][icon_new];

2. 최신글의 경우,
마찬가지로 사용중인 latest 스킨 폴더내의 latest.skin.php 파일 내부에,
위의 코드, echo " " . $list[$i][icon_new];
을 적절한 위치에 삽입 해 주시면 마찬가지로 new 아이콘이 보일 겁니다.
대략, for문 내부의

    if ($list[$i][is_notice])
        echo "<font class=myfnt1><strong>{$list[$i][subject]}</strong></font>";
    else
        echo "<font class=myfnt2>{$list[$i][subject]}</font>";
    echo "</a>";

    if ($list[$i][comment_cnt])
        echo " <a href=\"{$list[$i][comment_href]}\"><span class=myfnt3>{$list[$i][comment_cnt]}</span></a>";

비스무리한 코드의 아래부분에 넣으시면 될듯....
따라서, 서로 다른 latest 스킨을 여러개 사용하신다면 각각의 latest.skin.php에 위 코드를 추가해 주셔야 합니다.

부디 성공하시길... ^^;